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赫德在洋務方面還做了一些工作；
海關辦的洋務，經費有保障(都來自海關稅收)，隨時可以從英國采購機器設備、原材料，隨時可以從英國遴選技術人員，而且作為海關業務的一個組成部分，有良好的管理基礎，當時由中國官員創辦洋務可能出現的弊端，一般可以避免，因此都能產生相應的效益。
但是，統轄總稅務司的總理衙門對洋務所知極少，只能聽任總稅務司一手包辦，這就使海關洋務成了總稅務司擴大海關權力、謀取英國利益、乃至一己利益的工具。
這些航政設施中相當一部分與國防有關。外國人掌管這些設施，對中國國防安全威脅極大。“航路標誌，與國防有莫大關系．……今測繪內江水道，操諸外人，軍事秘密，難保不無泄漏；且外國民籍之人，享有領事裁判權，則戰時及戒嚴時所頒條例，亦無責成遵守之法權，則遇軍事時期，殊形窒礙”。引航權的喪失，各港領航員幾乎都是外國人，在1884那中法戰爭和1932年“一二八”戰役中就曾給中國造成重大損失。
清政府為削弱外籍總稅務司的勢力采取過若幹措施，北洋政府為爭取關稅自主、反對外國人控制海關有過鬥爭，1917年建立的廣州護法軍政府和後來建立的廣州國民政府在這方面的鬥爭更是有聲有色。相形之下，1927年在南京建立的國民政府顯得十分軟弱。至於中國人民，則從未停止過反對外國控制海關的鬥爭。
在晚清，盡管赫德得到了慈禧太後、醇親王弈譞等人的信任，總理衙門對他有時也是言聽計從，但是，左宗棠、張之洞等封疆大吏還是對赫德進行了不留情面的揭露和鬥爭。1865年赫德遞呈《局外旁觀論》後，左宗棠進行了激烈的抨擊。“此次威妥瑪、赫德所遞議論說帖，悖慢之詞，殊堪發指，……我之待赫德不為不優，而竟敢如此。彼固英人耳，其心唯利是圖，於我何有”。1887年中葡簽訂《裏斯本草約》，赫德最害怕的就是那個強烈反對《草約》的兩廣總督張之洞。1885年《巴黎草約》簽訂後，張之洞說：“赫德一手承攬。中國坐受其愚，邊民絕望，邊防日蹙，可為痛哭流涕”。1902年，湖廣總督張之洞和兩江總督劉坤一聯名致電外務部，猛烈抨擊赫德擴大權勢的活動：“赫德……意欲將中國利權一網打盡，用心良險矣。若不及早限制防範，中國實盡是洋官管事，華官只如地保，華人只充奴隸而已”。
隨著海關權力的極度擴張和赫德幹預的事務越來越多，中國人民反對外人把持海關的浪潮日趨高漲，清中央政府內部也形成了一股反對海關的勢力。1906年5月，在收回主權的呼聲越來越高的情況下，清政府內務部終於作出了成立稅務處，令海關由稅務處統轄的決定，從而切斷了總稅務司與外交機構的聯系。赫德不得不哀嘆“作為太上顧問的日子已經一去不復返，中國不再需要依賴別人了”。緊接著1910年1月，郵傳部制定章程，把海關管理華商輪船的權力接管過來。1911年5月，郵傳部把海關管理的郵政也接管過來了，海關的規模和權力大為縮小，這是全國人民和清政府內部反對海關外籍稅務司制度力量勃興的結果。
進入民國後，除了一些傑出的外交家如王正廷、顧維鈞等在1919年1月召開的巴黎和會和1921年開幕的華盛頓會議上為爭取關稅自主進行了有力的鬥爭外，中國人民反對外籍稅務司制度的鬥爭進一步高漲。
1917年9月，廣州護法軍政府成立。1919年軍政府向粵海關要求攤撥關余。此後直到1924年廣東革命政府為截留關稅和收回粵海關進行了聲勢浩大的鬥爭。雖然鬥爭以失敗告終，但列強把持海關行政、海關壟斷關稅征收權和保管權以及協定關稅的危害性卻暴露無遺，從而大大激發了全國人民反對海關的情緒。
1919年“五四”運動後，中國人民的民族意識不斷高漲。20世紀20年代中期，反帝運動的民族風暴席卷全國。1925年，在反對召開關稅特別會議的同時，要求收回關稅自主權形成了廣泛的運動。正是在這種形勢下，英國對華政策發生了轉變。英國駐華代理公使於1926年12月發表了《英國對華政策備忘錄》，認識到中國存在一種“於列邦謀一平等地位之國民運動”，情願修訂不平等條約，承認中國有應得關稅自主之權，無條件應允中國征收附加稅。“凡關於附加稅進款若何支配、儲存等問題，均應由中國政府自行解決”。
1926年2月，潮海關監督開展了收回50裏內常關卡口的空前革命運動，廣州也掀起了收回粵海關的鬥爭。緊接著國民政府撇開列強，撇開不平等條約，撇開關稅特別會議，毅然決然於1926年9月7日決定自11月1日起開征二．五附稅。雖然各國駐華使節不斷向廣州國民政府提出抗議，二．五附稅的征收還是實現了。此後13個月，國內各通商口岸紛起仿行，而且附加稅的征收辦法、征收機構、附加稅的保管，全然與海關分開，這是對海關的沈重打擊。1927年1月31日北京政府還以總稅務司安格聯拒絕由海關征收二．五附稅為由免去其總稅務司職務，這是一種空前的“維護中國主權和中國政府權力的合法行動”。
五附稅的征收、總稅務司安格聯的革職，“說明協定關稅的壁壘、海關外籍稅務司制度以及嚴重束縛中國發展的不平等條約，已被打開了缺口，中國已邁出了關稅自主的第一步，這是自鴉片戰爭以來前所未有的歷史大變化”。
1927年南京國民政府建立後，盡管沒有進行過值得稱道的鬥爭，但還是大體實現了關稅自主，就是這種趨勢的延續。此外，國民政府在海關改制方面還取得了一些進展。如1927年10月將總稅務司置於財政部下屬的關務署之下，1929年2月關務署實行海關改制，規定以後停招洋員、提高華員待遇，1928年10月收回內國公債基金保管權，1929年收回海關經費保管權，1933年8月廢止1868年的《會訊船貨入官章程》、肯定海關有防止走私偷漏之全權，1930年7月收回過去由海關管理的檢疫工作，1931年7月交通部收回了船舶檢查、丈量管理權，船舶領取執照也統歸交通部。但是，收回引航權的嘗試因日本的逞強阻撓失敗了(直到1943年英美才放棄在中國口岸雇用外籍引水員的特權)，收回長江標識管理權也因國民政府內部矛盾流產了。
中國近代海關史的內容豐富，這裏談到的幾點遠不足以反映全貌。但“可以充實、擴大整個中國近代史，加深對近代社會性質的認識”。
附；迄今為止，中外學界研究近代海關金融貿易外籍稅務司制度等成果頗豐，國內主要有：陳詩啟的中國近代海關史（晚清部分），對近代海關主要行政部門的沿革、海關人事制度以及財務管理制度的特點等作了開拓性研究。姚賢鎬：第一次鴉片戰爭後中國海關行政權喪失述略，社會科學戰線，論證了近代海關逐漸被西方列強侵蝕的過程；湯象龍：中國近代海關稅收和分配統計，論述了外籍稅務司制度不是土生土長的制度，是侵略者與中國封建統治階級相勾結的產物，具有半殖民地半封建性質。趙林如；市場經濟學大辭典，等等。國外主要有： Jean Aitcheson, The Chinese Maritime Customs Service in the Transition from the Ch ' ing to the Nationalist Era : An Examination of the Relationship between a Western-style Fiscal Institution and Chinese Government in the Period before the Manchurian lncident (Ph. D. Dissertation, Modern History: London, School of Oriental and African Studies，)；濱下武誌：中國近代經濟史研究——清末海關財政與開放港口市場區域(東京大學東洋文化研究所)；John King Fairbank, Martha Henderson Coolidge, Richard Joseph Smith, H. B Morse: Customs Commission and Historian of China (Lexington: University Press of Kentucky，)；岡本隆司：近代中國與海關(名古屋出版) ;Atkins Martyr. Informal Empire in Crisis : British Diplomacy and the Chinese Customs Succession: 1927—1929 (Ithaca, N. Y : East Asia Program of Cornell University, ) ; Lyons, Thomas P : China Maritime Customs and China' s Trade Statistics, 1859—1948 (Trumansburg, N. Y: Willow Creek Press,)，etc
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